wprowadzeniu do systemu intrastat podlega każdy fizyczny obrót towarowy ue z jednego państwa członkowskiego do innego państwa ue (np. towary ue, które są wysyłane z Francji bezpośrednio do Niemiec, muszą być zgłoszone do systemu Intrastat w obu tych krajach). przepływ towarów z jednego państwa członkowskiego do innego państwa członkowskiego jest traktowany jako obrót towarowy będący przedmiotem zainteresowania systemu Intrastat także wówczas, gdy towary przekraczają granice zewnętrzne Unii Europejskiej (np. towary, które są wysyłane z Niemiec do Włoch i przekraczają – bez przepakowania i rozładunku – granice Szwajcarii, muszą być zgłoszone do systemu Intrastat w Niemczech i we Włoszech). Każdy wewnątrzwspólnotowy przepływ towaru jest rejestrowany, jako: wywóz towarów – wówczas, gdy rejestracji dokonuje państwo członkowskie wysyłające towary oraz przywóz towarów – wtedy, gdy rejestracji dokonuje państwo członkowskie otrzymujące ten sam towar. nie cały obrót podlega rejestracji, mając na celu ograniczenie obciążeń, jakie spoczywają na przedsiębiorcach w zakresie sprawozdawczości statystycznej, rejestracji w systemie intrastat nie podlega obrót realizowany przez podmioty, które mają statystycznie małą wymianę handlową z zagranicą czyli nie przekroczyły podstawowego progu statystycznego. dodatkowo zgłoszeniu nie podlega obrót towarami wyłączonymi z obowiązku sprawozdawczego na podstawie przepisów wspólnotowych i krajowych.

Zgłoszeniu do systemu intrastat podlegają następujące towary i obrót towarowy:

· zakupione i sprzedane,

· transferowane w ramach tej samej osoby prawnej,

· przetwarzane lub uszlachetniane,

· zainstalowane lub użyte w konstrukcjach,

· dostarczane bezpłatnie,

· realizowane na podstawie leasingu finansowego

W systemie Intrastat nie rejestruje się:

· obrotów dokonywanych przez prywatne osoby fizyczne lub małe

przedsiębiorstwa, zwolnione ze składania okresowych deklaracji podatkowych,

· towarów będących w tranzycie,

· towarów umieszczonych w składach celnych.